土壤中的微量元素有四種存在形態：①土壤中礦物態的微量元素，含于土壤原生礦物和次生礦物的晶格中，作物不能吸收，只有經過很長時間的風化過程，才可能轉化為可吸收的狀態。②土壤有機物質中所含的微量元素，在有機質的礦質化作用中可以分解釋放出來，分解之前作物也不能吸收。③以離子狀態吸附在土壤膠體表面的交換性微量元素，能與土壤溶液中的離子進行交換，作物可以吸收利用。④水溶性的微量元素，存在于土壤溶液中，最易被作物吸收利用。

土壤中缺乏某些微量元素，通常并不是因為土壤中這些微量元素的總量不足，而是因為它們的有效性低。不同形態微量元素的有效性相差很大，但它們之間也是可以相互轉化的。影響這種轉化的主要因素是土壤的酸堿度，其次是土壤的通氣性和有機質含量等。當pH值較高時，水溶性和交換性的硼、錳、鋅、鐵都會不同程度地轉化，固定成難溶的各種次生礦物，降低有效性。所以，在石灰性土壤中，可能容易缺乏這些微量元素。然而，在微酸性至中性的土壤中，這些微量元素的有效性卻會比較高。但如土壤的pH值過低，鐵、錳化合物的溶解度就會增大，有時會導致可溶性鐵、錳過多，并可能產生對作物的毒害。

在酸性土壤中，鉬易與鐵、鋁、錳等的氧化物作用，固定成難溶的含鉬礦物，因而導致作物可能缺鉬，如果在酸性土壤上增施石灰，則能提高鉬的有效性。

銅的有效性，也因土壤pH值的增加而降低。但主要的缺銅土壤是泥炭土和洳澤土。因為銅能與腐殖質結合形成穩定的化合物，失去有效性。

此外，土壤的氧化還原狀況對錳的有效性也有明顯影響。當土壤的氧化性能增強時，尤其在pH值較高的情況下，水溶性和交換性錳，就被氧化成難溶的礦物態錳。

微量元素肥料主要有兩大類：一類是含微量元素的各種礦渣或工業廢渣，如含錳礦渣、含銅礦渣、鉬渣等，它們所含的微量元素不溶于水，而且含量不穩定，一般用作基肥或種肥。另一類微量元素肥料，是化學工業制造的，主要是含微量元素的各種鹽類，它們都易溶于水，也是最常用的微量元素肥料。

由于微量元素容易被土壤固定，所以用作基肥或種肥時，效果較小，一般都用于根外噴施或浸種。